防污染設計和消毒滅菌系統污染是導致細胞培養失敗的一個主要因素，因而，二氧化碳培養箱的制造商們設計了多種不同的裝置去減少和防止污染的發生，其主要途徑都是盡量減少微生物可以生長的區域和表面，并結合自動排除污染裝置來有效防止污染的產生。
例如，鑒于CO2培養箱在使用過程中有時會伴有霉菌生長，為確保培養箱免受污染并且保證儀器箱體內的生物清潔性，相繼問世了多種消毒滅菌方式，如帶有紫外消毒功能的CO2培養箱(如HealForce品牌的HF151UV和HF212UV二氧化碳培養箱);還有的設計生產了HEPA過濾器能過濾培養箱內空氣，可過濾除去99.97%的0.3微米以上的顆粒(如HealForce品牌的HF160W二氧化碳培養箱);此外，還開發設計了能使箱內達到高溫濕熱的環境從而殺死污染微生物，達到消毒滅菌目的的培養箱(如HealForce品牌的HF90和HF240二氧化碳培養箱)。
這些裝置對于細胞培養來說是必不可少，但選擇何種清潔裝置呢?shou先，我們考慮的當然是各種方式的滅菌能力，紫外消毒能力是與紫外燈距離目標的距離的二次方成反比，距離越遠，消毒能力越差，所以紫外消毒方式有其局限性，難以達到徹底滅菌的要求;HEPA過濾器由于受到過濾膜孔徑的影響，無法去除病毒和一些微小細菌，也有其局限性;相比較而言，高溫消毒是目前比較有效消毒滅菌的方法，高溫消毒又分為兩類，一是傳統的高溫干熱消毒，另一種是先進的高溫濕熱滅菌。接下來我們重點說一下高溫干熱和高溫濕熱兩種方法的優劣。高溫濕熱由于蒸汽潛熱大，穿透力強，容易使蛋白質變性或凝固，因此該法的滅菌效率比干熱滅菌法高。
其原因有三：①蛋白質凝固所需的溫度與其含水量有關，含水量愈大，發生凝固所需的溫度愈低。濕熱滅菌的菌體蛋白質吸收水分，所以較同一溫度的干熱空氣中易于凝固。②濕熱滅菌過程中蒸汽放出大量潛熱，加速提高濕度。因而濕熱滅菌比干熱所需溫度低，如在同一溫度下，則濕熱滅菌所需時間比干熱短。③濕熱的穿透力比干熱大，使其深部也能達到滅菌溫度，故濕熱比干熱收效好一些。所以高溫消毒并不是簡單的看消毒溫度，主要是看是否濕熱消毒。
另外，從使用角度看，濕熱消毒一般控制在90°C就能達到很徹底的消毒效果，整個消毒過程中培養箱內的所有附件都不用取出，可以全部進行消毒;而干熱消毒為了達到較好的效果，溫度一般都在100°C以上，在這種溫度下消毒培養箱內的傳感器、HEPA過濾器等都要在消毒過程中取出，等消毒結束再裝上，這樣即麻煩，附件又不能同時消毒，而且增加二次污染的幾率，再者要達到100°C以上的高溫，培養箱的加熱系統的電熱絲必然要加粗，這會導致培養箱的溫度控制難度增加，均一性變差。所以我們建議用戶在選購二氧化碳培養箱時選擇含高溫濕熱滅菌方式的培養箱。目前市面上有高溫濕熱滅菌功能的二氧化碳培養箱極少，而HealForce(力康)牌HF90氣套式二氧化碳培養箱能夠做到。HF90培養箱包含90°C高溫濕熱滅菌系統，同時配合其電解拋光不銹鋼圓邊圓角內腔體設計、箱內冷凝水控制系統、CO2進氣口HEPA過濾、外門開關檢測系統、三扇內玻璃小門等防污染設計，真真正正是一款理想的二氧化碳培養箱。
